Un processus de due diligence bien géré ne peut garantir qu'une transaction soit couronnée de succès. Il ne peut qu'améliorer ses chances. Le risque peut ne pas être totalement éliminé par la due diligence et le succès ne peut jamais être garanti. L'enjeu principal réside donc dans la réduction la plus importante possible d'incertitudes.
La due diligence est confrontée à de nombreux obstacles. Il peut y avoir des problèmes pour obtenir un accès à l'information de l'entreprise cible, les documents de travail des auditeurs, la langue employée. D’autres difficultés comme une durée de voyage courte, la nécessité de travailler avec des salariés de sociétés cibles qui ne sont pas enthousiastes à l'acquisition potentielle ou qui ne comprennent pas pleinement le processus peuvent encore s’ajouter. De même, il est important de garder à l'esprit que, bien que les principes comptables s’harmonisent (GAAP, IFRS..), un certain nombre de traitements acceptables en vertu des règles locales peuvent avoir un effet important sur le plan des prix et de la valeur. L'identification de ces zones pourrait conduire à des discussions intéressantes entre l'acheteur et le vendeur. De l’accroissement du développement de logiciels de recherche, de la mutualisation de bases de données internationales, du développement de réseaux sociaux dépend l’avenir de la due diligence.